Univerzita v Bordeaux vznikla v roce 2013 spojením třech univerzit: Univerzity v Bordeaux 1, Univerzity v Bordeaux 2 a Univerzity v Bordeaux 4. Původně, v roce 1441, ovšem byly všechny tři součástí stejné univerzity. Dnes jsme se do tohoto bodu opět vrátili, až na Univerzitu 3, která se přejmenovala na Université Montaigne a zůstala oddělená.